Hat der Steuerpflichtige daher mehrere Betriebe oder ist er an mehreren Personengesellschaften beteiligt, ist der Schuldzinsenabzug für jeden Betrieb bzw. Mitunternehmeranteil eigenständig zu ermitteln (BFH-Urteil vom 29. März 2007 IV R 72/02, BFHE 217, 514, BStBl II 2008, 420).

Ausgehend von dem der Entscheidung in BFHE 217, 514, BStBl II 2008, 420 zu Grunde liegenden Verständnis, wonach die Schuldzinsenkürzung maßgeblich an den Umstand des Eigenkapitalentzugs bei der jeweiligen betrieblichen Einheit anknüpft, stellt grundsätzlich jede Überführung oder Übertragung eines Wirtschaftsguts aus dem betrieblichen Bereich des Steuerpflichtigen in einen anderen betrieblichen Bereich desselben oder eines anderen Steuerpflichtigen eine Entnahme beim abgebenden und eine Einlage beim aufnehmenden Betrieb i. S. des § 4 Abs. 4a Satz 2 EStG dar (ebenso Schallmoser in Herrmann/Heuer/Raupach, § 4 EStG Rz 1059; Wacker, Betriebs-Berater 2007, 1936; Wendt, Finanz-Rundschau 2000, 417, 424;… Schreiben des Bundesministeriums der Finanzen - BMF - vom 17. November 2005 IV B 2 -S 2144- 50/05, BStBl I 2005, 1019, Rdnr. 10;… grundsätzlich für die Anwendung des engen Betriebsbegriffs bei Entnahmen i. S. des § 4 Abs. 1 Satz 2 EStG: Bode in Kirchhof, a. a. O., § 4 Rz 91, 92).

Da die Feststellungen der Vorinstanz jedoch für eine abschließende Entscheidung des Senats nicht ausreichen (s. nachfolgend zu 2.), ist die Sache nach § 126 Abs. 3 Satz 1 Nr. 2 FGO an das FG zurückzuverweisen (…Gräber/ Ruban, a. a. O., § 127 Rz 2; BFH-Urteil vom 29. März 2007 IV R 72/02, BFHE 217, 514, BStBl II 2008, 420).

Auf die Revision ist das Urteil des FG bereits aus verfahrensrechtlichen Gründen aufzuheben, da die Einkommensteuerbescheide für die Streitjahre, über deren Rechtmäßigkeit das FG entschieden hat, während des Revisionsverfahrens mit Bescheiden vom 27. Dezember 2011 geändert wurden und diese Änderungsbescheide nach § 68 der Finanzgerichtsordnung (FGO) zum Gegenstand des Verfahrens geworden sind (vgl. dazu BFH-Urteil vom 29. März 2007 IV R 72/02, BFHE 217, 514, BStBl II 2008, 420, m. w. N.).

Das vorinstanzliche Urteil ist somit gegenstandslos geworden; die vom FG getroffenen tatsächlichen Feststellungen sind hierdurch jedoch nicht weggefallen (BFH-Urteil in BFHE 217, 514, BStBl II 2008, 420).

Sie hat dies aus der systematischen Stellung des § 4 Abs. 4a EStG 1999 und dem Zweck dieser Vorschrift hergeleitet (vgl. das Urteil vom 29. März 2007 IV R 72/02, BStBl II 2008, 420).

aa) Während sich der BFH zur Notwendigkeit einer Modifikation des Gewinnbegriffs für Verlustjahre bislang inhaltlich noch nicht geäußert, die Frage vielmehr - etwa in dem bereits zitierten Urteil vom 29. März 2007, a.a.O., dort unter II. 2. d) (2) der Gründe ausdrücklich - offen gelassen hat, geht die wohl vorherrschende Auffassung im Fachschrifttum dahin, dass auch Verluste unter den Gewinnbegriff des § 4 Abs. 4a EStG fallen und deshalb - wenn auch mit gewissen Einschränkungen - in die Ermittlung der Überentnahmen einzubeziehen sind.

Es bedarf daher keiner Entscheidung, ob die Ermittlung der nach § 4 Abs. 4a EStG nicht abziehbaren Zinsen den Grundsätzen des BFH-Urteils vom 29. März 2007 IV R 72/02 (BFHE 217, 514, BStBl II 2008, 420) entspricht.

Auf die für die Jahre 1999 und 2000 streitige Frage, ob bei dieser Berechnung der Umstand zu berücksichtigen ist, dass der Hinzurechnungsbetrag seinerseits wieder den Gewinn erhöht, was grundsätzlich zur Folge hätte, dass die Überentnahme und damit der Hinzurechnungsbetrag sich vermindern (Interdependenzeffekt, seit 2001 durch § 4 Abs. 4a Satz 3 Halbsatz 2 EStG ausgeschlossen; für das Streitjahr abgelehnt in dem BMF-Schreiben in BStBl I 2000, 588, Rz 21; für zwingend erachtet bei Blümich/Wied, § 4 EStG Rz 629; offengelassen im BFH-Urteil vom 29. März 2007 IV R 72/02, BFHE 217, 514, BStBl II 2008, 420), kommt es im Streitfall nicht an, wovon auch die Beteiligten übereinstimmend ausgehen.

Durch die Rechtsprechung des BFH ist zwischenzeitlich geklärt, dass es für Zwecke der Bestimmung einer Überentnahme stets auf die Verhältnisse in einem einzelnen Betrieb und nicht etwa auf die Summe bzw. den Saldo sämtlicher betrieblicher Einkunftsquellen eines Steuerpflichtigen ankommt (vgl. das Urteil vom 29. März 2007 IV R 72/02, BStBl II 2008, 240).

Folge dieser betriebsbezogenen Korrektur ist u.a., dass dann, wenn der Steuerpflichtige Einkünfte aus einem Einzelgewerbebetrieb (§ 1 Abs. 1 Satz 1 Nr. 1 EStG) und aus einem davon zu trennenden freiberuflichen Einzelunternehmen (§ 18 Abs. 1 EStG) erzielt, der Schuldzinsenabzug für den jeweiligen Betrieb eigenständig zu bestimmen ist (Urteil des BFH vom 29. März 2007 IV R 72/02, a.a.O.).